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文殊的和平寺、岛藏、伊乃藏、菊藏、鹤藏五人组成的刺客团在甲州路上秘密追捕座头市，并在座头市乘坐的轿子前刺杀了他。然而，轿子里面却有一个年轻女子，名叫小丰，怀里抱着一个婴儿。途中，一将自己的轿子交给了突然病倒的小丰。当市听到小丰的死讯时，他决定将孩子交给小丰在信州宫本村的丈夫宇之介。盲人阿一抱着孩子，在轿夫童平和马助的陪伴下，开始了照顾孩子的旅程。然而，五人组却向这座城市发起了进攻。五个人中，有一个人被一的居合剑法砍倒了。道平和马助撤退了，一则带着孩子继续赶路。刺客因朋友的死而勃然大怒，与害羞的 Magojo Hangoro 结盟，并在 Ichi 换尿布时袭击了她。然而，即使在那里，阿一的剑也夺走了半五郎家族十名成员的生命。盲人阿一一边照顾孩子，一边成为黑帮成员，旅途充满艰辛。在通过一晚的赌博赚了一些钱之后，第二天醒来，一帮助了一位被乡村武士追赶的女钱包剪贴师冈，并雇用她来照顾他。冈爱上了 Ichi 的精神，尽管他们之间有争吵，但冈还是经常照顾 Ichi。有一天，当 Oka 让她的婴儿在二楼小便时，被路过的相扑选手 Koteushi 抓住了，Oka 和 Ichi 之间发生了争斗。四人恰巧路过此处，向没有带暗剑的阿一发动攻击，不过阿卡凭借敏捷的思维成功逃脱。就在一和冈开始对彼此产生不可分割的爱意时，一去拜访了已成为黑帮老大的卯之介。然而，卯之助却命令手下将抱着婴儿的一赶走。宇之介的态度让一感到愤怒，她把婴儿连同小丰的头发一起托付给了她家庙瑞光院的僧侣。与此同时，在寺庙外面，卯之助的盟友，刺客和平次和他的手下，点燃了竹矛的尖端并袭击了阿一，将他包围并杀死。这就是平次打败一之居合的计划。在火焰和刀刃中，阿一打败了四人和他们的同伙，但只放过了婴儿的父亲卯之介。当 Ichi 和 Oka 与他们的孩子告别时，他们的眼里闪烁着泪光。

堂山和下妻两家老大剑拔弩张，蒙在鼓里的座头市（胜新太郎 饰）被堂山请去助拳，半路斩杀了前来挑衅的下妻家三武士。失去引路人的阿市独自上路，期间营救了遭武士欺侮追杀的江户鸣海屋的小姐美津（藤村志保 饰）。受女孩死去的爷爷所托，阿市决定护送美津返回江户。谁知三武士之一的妻子阿久（藤原礼子 饰）衔恨座头市，想尽各种办法拐走美津。有信有义的阿市拼尽全力保护美津，在这一过程中身份和地位存在巨大差距的二人也渐渐产生好感。清醒认识到和女孩的差距，阿市克制着自己的情感。当旅途渐渐到达终点，一切矛盾都到了爆发的时候……

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

玩世不恭的花花青年凉介（小泽亮太 饰）没留神搞了黑社会老大的女人，他被对方当场抓获，之后更被逼着砍掉了小手指。在此之后，小手指被女孩桃子（我妻三轮子 饰）捡到。桃子小学时代是个丑八怪，她一门心思地喜欢凉介，却根本不被对方接受。愤怒的桃子为此放火烧了凉介的家，此后更整容成萝莉以期得到心上人的欢心。桃子将小指带回家，通过令人匪夷所思的手段克隆出和凉介一模一样的男子来。克隆人对桃子言听计从，不过却想方设法要除掉本尊。

在某个驿站，座头市帮助医生淳安和他的女儿大志，并对抗邪恶的黑帮松五郎。尽管受了重伤，一还是打败了松五郎一家和保镖源八郎，但源八郎竟然是俊安的儿子……野川由美子展示了她出色的嫂子行为。

盲人按摩师阿市外表平凡，却是一个技艺高超的剑客，虽然他有着这样那样的坏毛病，不过骨子里仍保有善良正直、嫉恶如仇的品行。这一日，周游全国的他来到了下总饭冈，在有过一面之缘的黑帮分子饭冈助五郎（柳永二郎 饰）处所留宿。适值此时，助五郎正与以笹川繁造（島田竜三 饰）为首的团伙对抗，双方剑拔弩张。繁造收留了一名落魄武士平手造酒（天知茂 饰），不过造酒却与同样耿直的阿市交起了朋友。不过分属两个阵营的他们，却不得不面临刀剑相向的残酷局面……

身怀绝技的盲人按摩师座头市（胜新太郎 饰）行走江湖，在途经关宿时受邀为黑田家的殿下按摩。谁知殿下举止癫狂，行为异常，为了防止家丑外泄，黑田家命令武士截杀归途中的阿市，但刺客全部死于阿市刀下。躲避仇家之际，阿市邂逅女郎阿节（水谷良重 饰），这位温柔的女子令他想起曾深深伤害过自己的千代。短暂盘桓，阿市再度启程，为了祭拜死于他刀下的平手造酒而返回笹川，而被黑田家买通的黑道头目堪兵卫（泽村宗之助 饰）则带领徒众紧随其后。

　盲剑客座头市（胜新太郎 饰）独行天下，扶弱济贫，但他渐渐厌倦了血雨腥风的生活，决心返回故乡莲花泽隐居。然而宁静的故乡已被暴徒政吾郎（米仓齐加年 饰）霸占，村民饱受欺侮，苦不堪言。政吾郎得知阿市归来，遂高价聘请流浪武士佐佐大作（三船敏郎 饰）充当保镖，以伺机除掉阿市。小小村庄，二人不免狭路相逢，不过几次决斗皆因各种原因而推迟。所谓英雄惜英雄，这不断推迟的对决让两人的斗志逐渐燃烧起来……

座头市出于对黑道熊吉提供住宿和食物的义务，不得不杀死年轻的黑帮宇吉，但当他得知熊吉的目标是宇吉的姐姐小袖时，他带着她逃跑了。佐藤胜作为一的竞争对手出现。