幕府后期，日本史上相当有人气的其中一个团体，一方面也是令勤王志士们闻风丧胆的年轻集团－新选组。以局长近藤勇为主轴，日本的未来就寄托在他们身上，是描述贯彻自己的信念的幕末青春物语。
有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。
后半部分讲述改编自川口海治同名漫画的《沉默的舰队》的续集故事。
影片的后半部分讲述的是改编自川口开二同名漫画的电影《沉默的使命》续集的故事。
