庄严的皇宫内，十二位以属相命名的大内密探肩负着贴身保护皇上的重任，其中高天九外号“灵灵狗”（古天乐 饰）是一位满脑子充满奇想秒招的发明家。他靠各种“法宝”在保护皇上的过程中屡建奇功，但对于自己风情万种却功艺高强的未婚妻梅希望（大S 饰）的一片痴心，“灵灵狗”的反应却表现的相当木讷。为了让这“灵灵狗”这个木瓜开窍，梅希望想出了一个试探“灵灵狗”的办法。深宫之类忠奸难辨，暗藏杀机。围绕公主选附马一事，各方面的力量都暗自勾结，企图谋权篡位并消灭以“灵灵狗”为首的大内密探，皇上安危遭受威胁，十二密探面临前所未有的挑战。

泥瓦匠鲁二（张桐 饰）因为修缮皇宫，巧遇被太后软禁的皇上。皇上在鲁二私处刺青，拟诏派他营救天牢中的大学士（王劲松 饰）。鲁二临危受命，详细制订了营救大学士的计划。他为潜入天牢假意打劫，却无意中邂逅了赌场老板娘红中（黄小蕾 饰），二人不打不相识。红中有个死对头许三刀，因冒犯钦差大臣福尔摩也被抓入天牢准备问斩。鲁二在潜入天牢，在搭救大学士之时，刚好赶上刺客前来行凶，两人狼狈逃出天牢，福尔摩在后面紧紧追赶。在逃亡中，大学士对鲁二的身份表示怀疑，后者遂露出私处方才验明正身。正当二人准备按刺青寻找藏宝图之时，福尔摩、红中、许三刀等形形色色的人物也卷入了这场追杀……

　公元1000年前后，部落首领巴德（亚历山大•莫顿 Alexanda Morton 饰）对于来历不详的独眼龙武士哈罗德（麦德斯•米克尔森 Mads Mikkelsen饰）百般刁难，非但不认为他是同族予以保护，反倒觉得他是受仇恨诅咒的危险生物，并一气之下宣判了他的囚刑。哈罗德被绑缚在旷野里受尽折磨。幸好，他遇到了10岁的机灵男孩阿尔（马尔滕•史蒂文森 Maarten Stevenson 饰）。有阿尔营救，哈罗德方才脱离牢狱。两人结成生死同盟，踏上面向黑暗之心的逃亡之路。途中，他们登上了一艘努力寻找乐土的海盗船，但是大雾迷江。小船在海上漂浮了40天后，才达到了一片未知的土地。然而，在哈罗德等人登陆时，却中了土著人的埋伏，海盗们受到了可怕的诅咒，死伤惨重。小阿尔也不幸被俘。哈罗德在营救恩人的同时，逐渐拨开了自己的身世谜团……

绝无神（任达华 饰）及其子绝心（谢霆锋 饰），投毒暗算中原武林，无名（何家劲 饰）、步惊云（郭富城 饰）成阶下囚。聂风（郑伊健 饰）闻讯赶到，与步惊云联手攻击，均遭重创。无名单挑绝无神，使用万剑归宗也无济于事。为破强敌，聂风、步惊云、楚楚（唐嫣饰）一起来拜谒魔道高人，但直到第二梦（蔡卓妍 饰）出现，才引得高人现身，但他双臂已断，功力也大不如前。为了破敌，聂风愿身堕魔戒，增强功力。而步惊云则师从无名，创建了新派剑道。此时，绝无神生擒了中州皇帝（谭耀文 饰）来到凌云窟。绝心用残酷逼皇帝说出龙骨所在。千钧一发之际，风云先后赶到，一场江湖对决，由此展开……

在上集幸存下来的人被神秘的先知Shot Bus Gus所救，他似乎拥有控制这些畜生的能力，在先知的带领下，幸存者进入下水道，那可通往城市，路上他们得到了空手道专家Jean-Claude Seagal的帮助，并得知这些畜生源自一个叫"The Hive."的地方，于是他们决定发起反击，永远消灭掉这些畜生。

美国工程师彼德森(夏恩·韦斯特 Shane West 饰)意外得到一部手机，接收到一条神秘短信。他先是因为它躲过了一次空难，后来，又在赌场里利用手机给他的短信赢得了不少的钱。他在赌场的举动不仅引起了赌场头目约翰的注意，也引来了格兰特特工。表面上格兰特用诈骗罪将彼德森逮捕，实际上他知道凡是用过此种手机的人最后都会死掉，他就是负责调查这个案子的人。