某个军人独裁小国的神秘岛上，鲁邦一行正打着该国的“国家宝藏”的主意。表面上看小岛完全无人防守，不料其实另有杀机暗藏。与此同时，有人好像看到两年前被处死的前王储的身影出现在国内，仿佛是来号召推翻暴政……这部1996年的剧场版也是鲁邦三世的第六部剧场版，由鲁邦之父——漫画家Monkey Punch（加藤一彦）亲自出马担任导演，因此相较其他导演的鲁邦剧场版，可能会更为接近作者创作的原味

犯罪率超低并在世界范围内享有盛名的和平之国东德鲁阿，其本国歌手奎恩·马尔塔（皆瀬 まりか 配音）在邻国西德鲁阿遭人暗杀。该事件使得东西两国关系瞬时紧张，战争一触即发。在此危急时刻，鲁邦三世（栗田贯一 配音）和次元大介（小林清志 配音）潜入东德鲁阿，伺机盗取传世秘宝“里特尔彗星”。谁知行动中他们遭遇警察埋伏，逃跑中一个黑影突然闪现，开枪袭击次元。次元敏锐地发现，袭击他的人很可能与杀害马尔塔的是同一人。在此之后，鲁邦与次元来到墓地，结果竟然在那里见到了一块刻有次元大介名字的墓碑。据说江湖上有一个传奇刺客奥崎耶鲁（广濑彰勇 配音），他会提前为其准备刺杀的人立上一块墓碑，凡是名字上了墓碑的人没有一个能逃过他的刺杀，但次元深感奥崎背后另有主使。与此同时，峰不二子（泽城美雪 配音）潜入某个秘密俱乐部，结果被俱乐部所有者抓获。未过多久，鲁邦和次元循着蛛丝马迹终于来到一处神秘所在，却在那里看到被囚禁起来的不二子。而就在此时，奥崎出现在他们面前…… 

在某个神秘的夜晚，可怕的孢子突然降临地球，它们钻进人类的身体，从而将其据为己有，并且将人类作为猎杀吞食的目标。高中生泉新一（染谷将太 饰）也险些被孢子控制大脑，结果这个待在右手中寄生兽“小右”（阿部隆史 饰）便与之展开了奇妙的共存。某天，学校里来了位新老师田宫良子（深津绘里 饰），她和小右都敏锐地察觉到对方的存在。田宫将A（池内万作 饰）和岛田秀雄（东出昌大 饰）介绍给小右，并邀请他加入全部由寄生兽组成的网络以谋求发展。在此期间，新一和小右遭到A的伏击，而相依为命的母亲（余贵美子 饰）也不慎沦为寄生兽的俘虏。为了保护最重要的人，新一只有向穷凶极恶的寄生兽展开攻击……

妻子遇害后，刑警安城五郎为了替妻报仇，辞去公职，最后成功手刃凶手，但他的复仇之旅仍未结束。五年之后，安城化名“山本”，表面上在垃圾场打工糊口，暗地里则是为各类帮会组织做事，并以此在地下世界中打探当初害死妻子的幕后黑幕。
安城曾偶然搭救过吉冈组组长，由此安城深得吉冈赏识。吉冈对安城关照有加，并愿无私为其提供情报。吉冈屡屡邀请安城入伙，但安城始终不愿涉入黑道。在地盘内不得人心的吉冈组实力弱小，而吉冈又反感向上级组织国士会求援，因此时常陷入窘境。某日吉冈接到旧友电话之后，便执意将全组搬迁至他处，摆脱国士会的束缚。新人警察西在调查一笔非法资金的流向时，发现相关人士均被安城当作复仇目标所鲨害。西对安城展开调查，却发现警局内部也与这笔非法资金有牵连，并已经提前删除了安城曾经的档案。认为安城妻子之死与这笔资金有关的西，决定直接联系安城，希望双方合作共享情报，也希望安城不再鲨人，而是以正义的方式将罪人绳之以法，最终破获整起案件。吉冈组的小弟高木意外之下，救下了国士会的会长，进而即将与吉冈平起平坐；安城追查到了幕后主使小笠原，但是没有忍心在其妻子面前进行复仇；本来答应不再与安城会面的西，还是接受了安城的委托，继续追查小笠原背后的主使……安城的复仇、吉冈的组织、西的正义，最终都不可避免地走向了一片虚无